Collegare due batterie in parallelo equivale a metterne una di maggiore capacità, quindi la scelta dipende esclusivamente dallo spazio a disposizione.
Non ha senso, con questo tipo di collegamento, usare due batterie di diversa concezione in quanto, lavorando appunto in parallelo e subendo le stesse identiche sollecitazioni, una delle due lavorerebbe inevitabilmente in condizioni non ottimali e si rovinerebbe rapidamente, trascinando nel suo deperimento anche l'altra alla quale è collegata costantemente.
Se si vogliono usare due batterie diverse è necessario prevedere un circuito che le mantenga isolate elettricamente come quello che, ad esempio, si usa sui camper.
Qui infatti viene privilegiata nella ricarica la batteria del motore e quindi, una volta che questa è carica, la tensione viene dirottata verso quella dei servizi.
Allo stesso modo, quando si avvia il motore, la tensione per il motorino d'avviamento viene prelevata solo dalla batteria del motore e non da quella dei servizi.
Quindi sui camper le due batterie possono essere di tipo differente, anzi è consigliabile che lo siano.
La batteria motore è in grado di fornire notevoli quantità di ampere in poco tempo (avviamento motore) mentre quella dei servizi fornisce poca energia di "spunto" ma molto costante nel tempo.
Mettere in parallelo batterie di diversa concezione non ha senso, le rovineresti entrambe.
In pratica, se vuoi mettere due batterie in parallelo, mettile uguali.
Spero di essermi spiegato